肝移植应用不足
器官短缺是限制肝移植应用的一个主要障碍。对器官的迫切需求促使产生了一些值得注意的创新，例如劈离式肝移植和活体肝移植。然而主要解决方法则是采用以往肝移植中较少应用的器官（如边缘供肝或扩大供体标准概念的出现）。但是，这种方法带来了肝移植转归差的高昂代价。因此，应在供体管理和器官保存方面不断创新，以改善次优器官的功能，而且，这种改进将扩大供体范围，增加器官供给，同时维持或甚至提高肝移植成功率。
复发性疾病
现在主要威胁移植物存活的是复发性丙型肝炎，经常由此导致受体死亡，因为对丙型肝炎实施再移植非常罕见。
目前研究人员致力于研发和尝试新的抗病毒治疗，尽管目前还停留在移植前，毫无疑问这种最有希望的方法将谨慎地向移植后领域渗透。
流行病学资料显示，新发丙型肝炎病毒感染率在降低，丙型肝炎作为肝移植适应证将减少，同时，非酒精性脂肪性肝病和非酒精性脂肪性肝炎将不断增加，由此导致的移植后复发负担和是否形成新的疾病目前仍不明确。
现有免疫抑制剂治疗的毒性
显而易见，免疫抑制剂成功地减少了对肝脏移植物免疫损伤的发生和影响。包括基于他克莫司伴或不伴麦考酚酯和皮质激素为主的方案，使急性排异反应发生率降低，慢性排异反应也罕见。
虽然钙调神经磷酸酶抑制剂对慢性肾病发生的直接影响是公认的，但是不同的免疫抑制剂对高血压、糖尿病、血脂代谢障碍和肥胖的发病率、患病率、严重性和结果的影响仍不明确。毫无疑问，随着时间的延长，这种负担越来越大，因为接受移植的候选人年龄越大，医疗问题也越多。迫切需要新的疗效相当但毒性较低的免疫抑制剂。
免疫耐受性是指在不应用免疫抑制剂治疗条件下，异体移植物保持正常功能，无急性或慢性排异反应的组织学证据。
成功诱导耐受性，是通过在移植前后给予一个精心设计的治疗方法，以至于患者最低限度地使用免疫抑制剂，是防止器官移植排斥的理想方法。这实际上是非常困难的，可以从自发性或操纵性免疫耐受的肝移植受体中得到启发。最近，巴塞罗那研究组织提出通过一个自然杀伤细胞（NK）基因表达谱芯片预测操纵性免疫耐受。目前仍在对该技术进行研究，如果该技术得以证实，将有可能根本性改变患者的治疗，并进一步改善肝移植患者预后。
