乙肝抗病毒治疗是治疗乙肝的关键，及时正确的抗病毒治疗可以有效阻止病情发展，减少肝硬化和肝癌的发生。一般来说，如果是活动性乙肝，肝功异常，需要抗病毒治疗；如果是乙肝病毒携带者，病情轻微，肝功正常，抗病毒治疗可缓，但是病毒携带者并非真正意义上的“健康携带者”而是活动性肝炎的潜伏状态，对于中年年龄以上的携带者，应该进行肝穿检查，如果发现肝脏组织炎症和纤维化超过二级，也要及时抗病毒。
2010年最新出版的《慢性乙型肝炎抗病毒治疗专家共识》指出，HBV DNA水平超过1×104拷贝/ml和（或）血清ALT水平超过正常值上限的乙肝患者都需要进行抗病毒治疗。此外，肝活检显示重度至重度活动性炎症、坏死和（或）肝纤维化的患者，也应该立即开始抗病毒治疗。
乙肝病毒生命力非常顽强，至今为止仍没有一种药物能够彻底消灭它。无论是干扰素还是核苷（酸）类似物只能抑制乙肝病毒的复制，短期治疗（≤1年）停药后，患者的HBV DNA水平都会出现大幅度反弹，这说明乙肝治疗需要“长治”才能“久安”。针对核苷（酸）类似物疗程，《中国乙肝防治指南》建议：大三阳乙肝患者治疗至少1年后，如果HBV DNA水平转阴，肝功能正常而且实现了血清学转换，则需要再巩固治疗12个月；小三阳乙肝患者治疗至少1年后，如果HBV DNA水平转阴而且肝功正常，则需要再巩固治疗18个月。总之，乙肝患者至少要坚持二年或二年半以上是时间的治疗才有可能考虑停药。
无论是乙肝携带者还是乙肝患者都需要定期监测和随访，它承担着三大功能，不容忽视。第一，定期监测可以判断疾病的进展。乙肝携带者可依此决定是否需要抗病毒，而正在服药的肝炎患者则可了解到疾病的进展，以防出现肝硬化、肝癌。第二，通过监测可以尽早发现药物的副作用，及时进行干预防止出现医疗事故。除了常规检查外，乙肝患者还要根据某类药物的特点增加监测项目，例如肌酐等。第三，监测结果还是检验疗效的“试金石”。如果效果不佳，医生可以根据病人的状况及时调整治疗方案。因此，患者需要积极配合医生，做好定期监测和随访，每三个月监测一次HBV DNA水平、肝功能、乙肝五项等。
