在丙型肝炎的临床诊疗过程中，将规范治疗与规范检测同步进行已成为一个趋势。随着治疗逐渐规范化，很多医生已掌握了丙肝相应的治疗路线图;而检测方法的不断完善，则有助于更好配合治疗监测病情。检测包括两个方面，治疗之初对丙肝病毒基因型的检测，以及治疗之初、治疗中和治疗结束后随访时对丙肝病毒载量的检测。
丙肝病毒的基因型不同，对治疗反应也不同。基因1型和4型治疗反应稍差，通常需要48～72周的抗病毒治疗。如果治疗过程中未达到早期病毒学应答，则应终止常规治疗。而2型和3型疗效稍好，通常需要24～48周的治疗，且更易于获得持续病毒学应答。因此在治疗之初最好先分清病毒基因型，国内很多大医院都具备这一技术实力。如果确实无法检测，考虑到我国丙肝病毒的基因型以1型为主，可按1型来治疗。
在治疗前、治疗中需要对病毒载量进行检测。在治疗4周和12周时是否真正达到了阴性，是调整治疗疗程和预测能否治愈的基础。此时需要注意避免临床检测中出现的假阴性，防止病情反复。这主要是由于部分应答的患者可能会被误判为完全应答，从而不再延长疗程，导致出现所谓的复发，而这一误判主要与检测试剂的检测限有关。目前，国内通用检测试剂的检测限为500～1000国际单位/毫升，而采用国际流行的全自动实时荧光定量PCR试剂检测限可以达到15国际单位/毫升。通常推荐在治疗前、治疗4周、治疗12周时采用灵敏度高的检测试剂进行检测，从而更好地确定疗程，预测疗效。
